Pesantren Modern adalah sebuah lembaga pendidikan yang bersistem asrama dan eksistensinya tidak terlepas dari peranan instansi yang ada di dalamnya, setidaknya ada 3 instasi primer yang harus ada dan berpadu dengan harmonis pada lembaga ini, diantaranya: Pengasuahan santri, Pengajaran dan Logistik/Keuangan.
Pengasuhan santri, ia berperan sebagai produsen yang meramu dan melaksanakan program kegiatan para santri dan penghuni pesantren, program, kegiatan dan sistem yang ada haruslah sesuai dengan kurikulum pendidikan pesantren guna pembentukan pribadi/karakter santri untuk menciptakan lingkungan bermoral dan berakhlaqul karimah sebagai dasar landasan utama intelektualitas. Sehingga teori akhlaqul karimah yang didapat di ruang-ruang kelas bisa langsung diaplikasikan dalam kehidupan sehari-hari secara lebih signifikan karena adanya disiplin yang diterapkan dan kendalikan selama 24 jam dengan bantuan Oraganisasi Santri Pesantren Al-Manar(OSPA).
Program kegiatan yang dibidangi pengasuhan santri ini meliputi seluruh kegiatan diluar ruang Kegiatan Belajar Mengajar(KBM), dari bangun tidur sampai tidur lagi semua aktifitas santri berada dalam pengawasan dan setting program hariannya. Karena pada prinsipnya, program tersusun temporer, harian, mingguan, bulanan dan tahunan, serta terevaluasi secara berkala.
Dengan demikian, penyelanggaraan kegiatan ekstrakurikuler bisa berlangsung secara maksimal tanpa kendala yang berarti dan prestasi pun menjadi hal yang wajar dalam bidang keagamaan, kepramukaan, olahraga, kesenian, dan lain sebagainya, baik pada event Tingkat Daerah, Provinsi, maupun Tingkat Nasional.
Pembinaan kehidupan santri pun menjadi tugas utama pengasuhan, sehingga perihal Ibadah, kesehatan, kebersihan, makan-minum, serta tata tertib hidup selama di pesantren harus benar-benar dipertimbangkan demi kebaikan bersama.
